Desde o início do projeto para a criação até a inauguração do Centro de Pesquisas e Conservação da Natureza Pró-Mata, em abril de 1996, as atividades foram coordenadas pelo Prof. Jeter J. Bertoletti (MCT/PUCRS) com o apoio do Prof. Dieter Wittmann (Universidade de Tübingen, Alemanha).
Posteriormente foi constituído o Conselho Superior de Administração, que passou a ser o órgão consultivo e deliberativo do CPCN Pró-Mata, representado pelas direções do Instituto de Meio Ambiente, Museu de Ciências e Tecnologia, Faculdade de Biociências, Assessoria da Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, Universidade de Tübingen e Coordenações Administrativa e Científica do Centro de Pesquisas e Conservação da Natureza Pró-Mata.
Atualmente, o CPCN Pró-Mata está diretamente vinculado ao Instituto do Meio Ambiente, localizado no Campus Central da PUCRS, e conta com o apoio da equipe residente na Sede, em São Francisco de Paula. O gerenciamento do Centro de Pesquisas é realizado pela Equipe Multidisciplinar vinculada ao IMA, abaixo listada, e apoiado por consultores especialistas.