O Pró-Mata é vinculado ao Instituto do Meio Ambiente da PUCRS (IMA). O gerenciamento do Centro é realizado por uma equipe multidisciplinar, que conta com o apoio da equipe residente na Sede, em São Francisco de Paula.
Diretor do Instituto do Meio Ambiente
Prof. Dr. Nelson Ferreira Fontoura
E-mail: nfontoura@pucrs.br
Secretária
Maria da Graça Campolongo Coiro
E-mail: promata@pucrs.br
Encarregado administrativo e de operações
Dr. Glauco Schussler
E-mail: glauco.schussler@pucrs.br
Equipe de apoio operacional