O setor de Ornitologia é um espaço destinado a pesquisa e curadoria da coleção científica de aves. Aqui são desenvolvidas pesquisas relacionadas a projetos acadêmicos cujo foco central é o conhecimento básico e a conservação da avifauna do sul do Brasil. O setor é um centro de formação de recursos humanos em Ornitologia, pois proporciona ao aluno, desde a gradução, a prática necessária a formação de um Ornitólogo. No setor de Ornitologia o aluno tem contato com os espécimes da coleção científica, através de aprendizado na preparação de peles e esqueletos, como também contato com as espécies em campo, através da participação em diferentes projetos desenvolvidos por alunos de mestrado e doutorado, como também pelo curador da coleção.