A coleção científica de aves mantem em seu acervo importante parcela da biodiversidade brasileira. São peles taxidermizadas ("empalhadas") de diferentes espécies de aves na forma de "múmias", esqueletos e/ou tecidos que, além de subsidiar pesquisas em taxonomia, sistemática e genética, testemunham a riqueza de aves e a história de um local. Isto porque a cada indivíduo da coleção está associada uma localidade, uma data de coleta e um coletor. Como parte do patrimônio da biodiversidade brasileira os espécimes da coleção de aves tem que ser permanentemente cuidados para nunca deteriorar e este é um dos papéis do curador.

      Número de espécimes: 2.590 indivíduos catalogados.
      Número de espécies: 450.

      Na Coleção Científica de Aves são conservados:

      a) exemplares em seco, ou seja, peles taxidermizadas em forma de peles tradicionais, pele-esqueletos, esqueletos, penas e, eventualmente, ninhos;

      b) exemplares em líquido, ou seja, material fixado e armazenado em álcool. A coleção líquida é formada por tecidos, gônadas, estômagos, siringes, línguas e olhos.

        A coleção é predominantemente de aves do sul do Brasil, Rio Grande do Sul e Santa Catarina. A maior representatividade é de aves de hábitats abertos (campos sulinos e ambientes urbanizados), mas existem representantes de todos os grandes biomas brasileiros, Floresta Atlântica (incluindo floresta com araucária e campos de altitude), Floresta Amazônica, Pampa, Caatinga e Cerrado. Existem exemplares de espécies ameaçadas, endêmicas e raras. Existem também espécimes de aves oceânicas e mundialmente ameaçadas.

        O grupo melhor representado é dos Rhinocryptidae do gênero Scytalopus – presença de representantes de espécies novas e espécies por descrever com material farto. O Museu tem as maiores séries do mundo de S. speluncae (n = 72), S. pachecoi (n = 21), S. diamantinensis (n = 7), S. sp. nov. (n = 9). Apenas 8 coleções de museus do mundo, além do Museu, possuem representantes de S. iraiensis, S. diamantinensis, S. novacapitalis, e Eleoscytalopus psychopompus. A família Rallidae também é bem representada, especialmente com séries grandes de Rallus maculatus.

        A coleção de tecidos sanguíneos de espécies do gênero Sporophila também é representativa para S. hypoxantha, S. melanogaster e, provavelmente, para uma nova espécie do gênero, sob estudo no Laboratório de Ornitologia.

        Existe boa representatividade de exemplares de Falconiformes e Strigiformes comuns no Rio Grande do Sul. Entre as corujas de ocorrência escassa destaca-se Strix virgata.

        Existem exemplares raros para o sul do Brasil como Diomedea epomophora, Diomedea exulans, Coturnicops notatus, Gallinago undulata, Porzana flaviventer. O albatroz-errante (Diomedea exulans) e o albatroz-real (Diomedea epomophora) são albatrozes mundialmente ameaçados de extinção. Ao que se sabe há poucos registros de espécimes do RS representados em coleções brasileiras, sendo que o indivíduo depositado na PUCRS de albatroz-real é a primeira pele completa da espécie para o Estado. Alguns endemismos estão representados como Cinclodes pabsti (tecido) – endêmica dos campos de cima da serra; Melanopareia torquata – endêmica do Cerrado; Hylopezus ochroleucus – endêmica da Caatinga.

Holótipos: 2 (espécies – Scytalopus pachecoi e S. diamantinensis)

Parátipos: 8 parátipos de Scytalopus pachecoi e três parátipos de Scytalopus diamantinensis.

        A coleção guarda informação sobre a biodiversidade da avifauna do Estado do Rio Grande do Sul, bem como do Brasil, sendo uma fonte de pesquisa para alunos de pós-graduação, professores e pesquisadores da área de Ornitologia. O acervo é uma fonte fundamental de consulta para o conhecimento, entre outros aspectos, da distribuição das espécies ameaçadas, ou com problemas de conservação para o estabelecimento de Planos de Ação e outras políticas públicas para a conservação de espécies a nível nacional e regional. A coleção, e a conseqüente pesquisa gerada a partir de seu acervo, é uma referência no Estado para pesquisas na área de Ornitologia, divulgando a Universidade e o Rio Grande do Sul para o resto do mundo – a partir, principalmente, de citações do material aqui depositado em publicações científicas e nas descobertas para a ciência decorrentes da utilização do acervo.