O Setor de Herpetologia é responsável pela curadoria da coleção de anfíbios e répteis do Museu e também apóia projetos de pesquisa com esses grupos. Os projetos realizados no Setor envolvem pesquisas sobre diversos temas, incluindo taxonomia, filogenia, ecologia, comportamento e história natural. O Setor também propicia orientação a alunos de graduação da Faculdade de Biociências ao nível de Iniciação Científica, mestrandos e doutorandos do Programa de Pós-Graduação em Zoologia. Informações à população a respeito desses grupos animais também é uma constante neste Setor.