O setor de arqueologia tem por finalidade estudar, pesquisar e interpretar todos os monumentos arqueológicos de qualquer natureza, origem ou finalidade, que por sua natureza e evidência, demonstrem que tenham resultado da ocupação humana ou denotem que o homem ali viveu por um determinado espaço de tempo. Os projetos desenvolvidos no setor de Arqueologia são coordenados por professores do Programa de Pós-Graduação em História da Universidade. Destas pesquisas participam também alunos de Graduação e de Pós-Graduação. Os resultados destes esforços acadêmicos coletivos manifestam-se nos trabalhos científicos publicados em revistas especializadas e nos relatórios técnicos elaborados. Desde 1993, foram defendidas 65 dissertações de mestrado, e 24 teses de doutorado, muitas com material arqueológico do acervo. Podemos afirmar então que nestes últimos anos o setor de Arqueologia contribuiu significativamente para a formação de uma nova geração de professores e pesquisadores. Estes arqueólogos atuam atualmente em diversas regiões do país, criando novos centros de pesquisas, mas ao mesmo tempo, mantendo ligações pessoais com sua instituição de origem. Estes contatos são de fundamental importância tanto que não deveriam permanecer.